统率的另一支政府军已平定兖州东郡黄巾军，朝廷则改派皇甫嵩前往冀州平定黄巾军。

皇甫嵩不负众望，最终凯旋而归。皇甫嵩返回雒阳后，上书给刘宏，将平定冀州黄巾军的功劳推给卢植，于是卢植官复原职，仍然任尚书。

公元189年（中平六年），刘宏驾崩，大将军何进掌控朝政，何进听信袁绍等人的建议，意图铲除宦官，甚至征召并州牧董卓进京，卢植知道董卓必为后患，竭力劝阻，而何进不听。

八月，发生政变，何进被杀，董卓进京，掌控朝政。

董卓意欲废黜少帝刘辩，拥立陈留王刘协为帝，便召文武百官商讨，当时无人敢言，只有卢植独自一人出来反对，董卓大怒，下令将卢植处死，蔡邕为其求情，而议郎彭伯也赶紧出来劝阻董卓说：“卢尚书是海内大儒，士人之望！如今若杀他，天下人都会震惊失望。”董卓这才作罢，仅将卢植免职而已。

不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡涿县。等董卓批准后，卢植便走小路离开雒阳，董卓果然派人追杀而不及。卢植便隐居在幽州上谷郡，不问世事。

公元191年（初平二年），袁绍取得冀州，拜卢植为军师。

公元192年（初平三年），卢植逝世。临终前，卢植让其子挖土穴薄葬，不用棺木，只有贴身单衣而已。

公元207年（建安十二年），曹操率军北伐乌桓，途径涿县，下通告称赞卢植的生平，并派人为其扫墓。其子卢毓，后来官至司空，有名于世。

范晔《后汉书》曾经评价道：“风霜以别草木之性，危乱而见贞良之节，则卢公之心可知矣。夫蜂虿起怀，雷霆骇耳，虽贲、育、荆、诸之论，未有不冘豫夺常者也。当植抽白刃严阁之下，追帝河津之间，排戈刃，赴戕折，岂先计哉？君子之于忠义，造次必于是，颠沛必于是也。”“子干兼姿，逢掖临师。”

卢植著有《尚书章句》、《三礼解诂》（《礼记解诂》）二十卷，还有文集二卷，今已佚失。

《全后汉文》收录有《始立太学石经上书》、《日食上封事》、《奏事》、《献书规窦武》、《郦文胜诔》等言论。

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